Onde devo pagar o ISS?

A resposta é: depende, e a correta interpretação exige atenção à legislação e à jurisprudência.

A regra geral
Pela Lei Complementar nº 116/2003, que disciplina o ISS no Brasil, o serviço “considera-se prestado e o imposto devido no local do estabelecimento prestador ou, na falta deste, no local do domicílio do prestador”.

Ou seja: se a empresa possui estabelecimento (filial, escritório, unidade) num dado município, em regra, o ISS será devido nesse município.

As exceções — onde o ISS é devido no local da prestação
Há, porém, casos em que o ISS será devido no município onde o serviço foi efetivamente realizado, ou onde o tomador reside, conforme os incisos da LC 116/2003. Por exemplo: Serviços de construção civil, obras de engenharia, instalações — nestes casos, o local da prestação pode delimitar a competência para cobrança do ISS.

Jurisprudência do Superior Tribunal de Justiça (STJ) já entendeu que “a cobrança do imposto ocorre no local onde o serviço foi prestado”.

Normas Legais
Como explica o site da APET: “A competência … é do município em cujo território se realizou o fato gerador” (ou seja, onde foi prestado).

E no caso da sede da empresa vs local da prestação — como aplicar?
Voltando ao seu exemplo: Quando um serviço pode ser perfeitamente realizado de qualquer local, sem que o fato gerador se vincule a um território (ex: projeto, consultoria que não demanda presença física específica), normalmente o ISS será devido no município onde a empresa tem estabelecimento.

Já quando o serviço depende da presença no local ou do território (ex: montagem de andaimes para construção de ponte, serviço realizado in loco), então o município onde se deu a prestação do serviço pode reivindicar a competência para cobrança do ISS.

Esse entendimento evita que uma empresa seja surpreendida por dois municípios exigindo o ISS pela “mesma” prestação — situação que é considerada “guerra fiscal” entre municípios.

Situação recente e em discussão
Importante: há em andamento discussões sobre o tema no Supremo Tribunal Federal (STF), para definir com mais clareza os limites da competência municipal para cobrança do ISS.

Além disso, leis complementares tentaram transferir a arrecadação para o município de destino (onde o serviço é usado ou onde está o tomador), em vez da origem (sede do prestador).

O que a empresa prestadora de serviços deve fazer?
Para evitar problemas futuros, sugerimos que sua empresa adote os seguintes cuidados:

• Identificar claramente onde o serviço está sendo prestado (território físico ou local de instalação) e se há unidade da empresa naquele município.

• Verificar se o município onde se situa a prestação está cobrando o ISS, ou se a sede da empresa está em outro município.

• Em casos de prestação in loco (como montagem, instalações, obras), considerar que o município da prestação pode ter competência para cobrança.

• Consultar a legislação municipal aplicável e, se possível, obter parecer contábil/tributário para identificar a correta competência.

• Emitir a nota fiscal com o município correto, evitando autuações ou exigências duplas.
  

Conclusão
Em suma: sim, pode haver situações em que o ISS não deva ser recolhido na sede da empresa, mas no município da prestação do serviço. Cada caso exige análise da natureza do serviço, da presença de unidade da empresa, e da legislação municipal. A regra geral da LC 116/2003 privilegia o local do estabelecimento do prestador, com exceções legalmente previstas.